Una forma de guardar por defecto nuestros ficheros fuente en alguna codificación de caracteres en especial si usamos Netbeans(esto a raíz de una consulta en solocodigo), sería indicandoselo en su fichero de configuración, que se encuentra en /etc/netbeans.conf.
En el parámetro:
netbeans_default_options
Agregamos dentro de las comillas el valor:
-J-Dfile.encoding=UTF-8
En este caso le indicamos que lo guarde en UTF8.
Mas información:
http://wiki.netbeans.org/FaqNetbeansConf
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