CI es un framework, con el cual me ha gustado bastante desarrollar aplicaciones escritas en PHP. No requiere de mucho manoseo para hacerlo funcionar, es decir, no necesitas instalar paquetes de más o de una configuración complicada para empezar a trabajar, simplemente: descargas y descomprimes.
Sin embargo, muchos tenemos diferentes formas de hacer las cosas(o como dice mi tata: Cada quien se saca los mocos como puede.), y CI te deja hacer prescisamente eso, lo cual es una ventaja.
En mi caso, en particular no me agrada usar CI de la manera en que viene por defecto:

Sino, que lo utilizo de esta manera, notese que system/ lo renombro como ci/ y application/ lo subo a la raíz, además de renombarlo como app/:

En la raíz, tambien suelo poner los recursos de acceso púbico público como las imágenes, hojas de estilo y demás scripts(img/, css/, js/).
Los direcorios app y ci van con su .htaccess(mínimo):
deny from all
Lo anterior requiere unos cambios en el index.php:
$system_folder = "ci"; $application_folder = "app";
en lugar de:
$system_folder = "system"; $application_folder = "application";
Demasiado complicado!, pero si no lo apunto en algún lado se me olvida.

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